期刊简介
本刊是综合性学术期刊，主要刊登人工器官、生物材料、生物力学、生物信息与控制、生物医学测量、医药工程、生物工程、中医工程、计算机在医学中的应用、医疗器械等方面的理论研究和最新成果。适合从事生物医学工程的科研、工程人员及临床医生阅读，面向国内外公开发行。
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首页>北京生物医学工程杂志
- 杂志名称：北京生物医学工程杂志
- 主管单位：北京市卫生健康委员会
- 主办单位：北京市心肺血管疾病研究所
- 国际刊号：1002-3208
- 国内刊号：11-2261/R
- 出版周期：双月刊
期刊荣誉：北京市优秀作品编辑奖（89）期刊收录：维普收录(中), 知网收录(中), 万方收录(中), 统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 国家图书馆馆藏, 上海图书馆馆藏
融合基因芯片数据上下文特定网络的重构
陈孝旭；郑浩然
关键词：基因芯片, 上下文特定网络, 重构, 代谢系统, 组织特异性
摘要：目的 在特定类型细胞或特定环境条件下,已有的全基因组代谢网络中的部分反应并不参与到实际的代谢过程中.为反映特定条件下生物体代谢系统的工作状态,本文提出一种重构上下文特定网络的新方法,用来构建特定条件下的代谢网络.方法 首先根据基因芯片数据中蕴含的PA Calls信息,由基因-酶-反应之间的调控关系,计算出在表达层面上为“Absent”状态的反应集合.然后使用一个混合整数规划模型,从全基因代谢网络中删除表达为“Absent”状态的反应及其关联反应,在满足计量平衡等约束条件下,寻找与表达层面吻合优的网络,即为特定条件下的上下文特定网络.结果 重构了肝脏和心脏两种组织的上下文特定网络.实验结果表明,两种组织的上下文特定网络存在很大差异性,尤其在某些具有组织特异性的代谢功能上,如胆汁酸合成等.结论 融合基因芯片数据信息的上下文特定网络重构方法,能够有效构建反映特定条件下生物体代谢系统状态的上下文特定网络.
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